回答いたします。
前提として、借主の過失による貼り替え費用の負担は一般的です。
次に、部屋単位とするという部分ですが、一部のみを貼り換えた時に別の部分との見た目の違いが発生し、結局全てを貼り換える必要が生じる為と思われます。
「部屋単位とする」という特約がなければ、全てを貼り換える場合でも最小単位の貼り替え費用を借主が負担し、残りを貸主が負担するのが国土交通省のガイドラインですが、特約があった場合特約が優先されます。
そこまでは、物件を契約するための条件ですので、特約の条件をのんで契約するか、納得できなければ外してもらうよう交渉し、交渉がうまくいかなければ契約はできません。
ここからが重要なのですが、実際にクロスやＣＦの貼り替え費用を負担する場合、経年劣化を考慮して退去の時の残存価値に対応した費用を負担します。
クロス・ＣＦは新品にしてから６年で価値が１円となり、ほぼ価値がなくなります。
（例外的にフローリングは経年劣化を考慮しないとされていますのでフローリングは傷をつけないように特に注意が必要です）
６年以上お住まいになった場合、負担は少なくて済むはずです。
３年経過すれば価値は半分になっている為、実際に負担するのは残っている半分のみとなります。
入居時に新品で無かった場合は前の入居者の使用期間をさらにさかのぼって価値を下げて計算しますのでさらに費用負担は少なくなります。
これは、入居者さんより指摘をしなければ、単に新品にする為の費用全額を請求される場合もありますので、将来的に退去される時には必ず思い出してください。

結論：費用負担は物件を契約するための条件なので仕方がない。長く住めば（６年で１円）貼り換えたとしてもどちらにしても価値が（ほぼ）無くなっている為費用は安い！！

回答日：2020/07/31

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