賃貸契約を続行する場合は敷金から賃料を充当するという保証人の主張は強引ですね。

通常は契約書にそのような主張は出来ない旨記載があると思いますのでその文面を根拠に交渉ください。

解約前提でのお話であれば借主（入居者）が退去すれば、清算する訳ですから結果的に保証人が主張するような方法（但し敷引きも必要です。）になりますね。

滞納家賃をまずはお支払頂き敷金精算分を返却すると言う流れが正しい精算方法ではありますが、入居者に退去頂いた後に精算すべき金額を確定後不足分をお支払い頂くという方法も保証人と信頼関係があればご判断頂く事もあると思います。

詳しく内容をお聞きしないと適切な説明はできませんので、信頼できる宅地建物取引業者（仲介された会社）などにも契約内容を確認しながらご相談下さい。

回答日：2015/12/26

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