なご家おもてなし不動産の金井と申します。
内容拝見致しました。

契約書内容を把握しておりませんので想定される範囲での回答となります事、ご了承下さい。以下は普通賃貸借契約（定期借家契約ではない）の場合となります。

先ず貸主からの解約及び更新拒絶の通知期間が６ヶ月前に設定されているかと思います。この場合、３ヶ月後の契約期間満了に対して貸主からの通知期間が満たない為、貸主から契約期間満了による契約解除を主張することは出来ず、貸主から通知のあった日から（契約更新日を跨ぎ）６ヶ月後に契約終了となります。
※契約更新日の翌日時点で更新書面などの合意がない場合でも法廷更新がなされているのでご安心下さい。

上記した貸主からの契約解除については解約通知のみでは足らず【正当事由】が必要となっております。実務上は正当事由を立証（＝裁判所の判決）しなければならない為、契約期間満了での契約解除は起こり得ない状況になるかと思います。
また今回の正当事由としては、同居したことにより貸主・借主の信頼関係が著しく損なわれたか否かが判断基準になりますが、同居した際に貸主の書面承諾は得ておりますか？？
仮に書面承諾がなかった場合であっても、
①貸主が１年以上にわたり容認（黙認）している事
②ご家族で住んでいる借主が他に存在していることを貸主が認知している事
③賃料滞納等のそれ以外の要因がない事
の３点から著しく信頼関係が損なわれたとの判断は出来ないと推察されますので、少なくとも現時点では法的手段であっても強制退去が執行されることはないかと思います。
但し、今後も居住を続けた際に、貸主から同居を解消する依頼が幾度もあったにも拘わらず（書面承諾なく）引き続き同居を続けていた場合は状況が変わりますのでご注意下さい。

以上となりますが、今後、貸主から同居を続けるなら家賃を値上げするといった嫌がらせ（即刻応じる必要は御座いませんが・・）等が起こり得るかもしれませんので近い将来の転居をご検討頂ければと思います。

円満な解決を心よりお祈り申し上げます。

回答日：2020/06/13

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