こんにちは。
アップシードレジデンシャルの千葉と申します。

残念ながら、ご質問のような修繕前内見での契約による入居時クリーニング状態のトラブルはよくあるお話です。

このようなトラブルを避けるために、必ず契約前にクリーニング後の部屋を内見してもらうよう徹底している管理会社もあります。


明らかな設備の未修繕（クローゼットの取っ手が取れている等）であれば、入居後であっても管理会社に修繕を依頼することは当然ですが、クリーニング状態の程度はオーナー、管理会社、クリーニング業者、入居者の各々の感覚によって意見が分かれるところですので、とても難しい問題となります。


ご指摘の自然劣化による張替については、「自然劣化（経年変化）に起因する修繕は賃借人に費用請求できない」のであって、経年変化による修繕をどのタイミングで実施するか（何年毎に修繕するか）は、オーナー側の判断となります。
そのため、経年変化に起因する修繕を賃借人の立場から請求することは難しいです。


なお、ご認識のとおり喫煙に起因する修繕は、少なくとも都内では賃借人に請求できることが一般的です。
文章を拝見したところ、オーナー（又は管理会社）の判断により、クロスの全面貼替までは実施（前賃借人に請求）したもののフローリングの貼替までは実施していない（請求していない）ということでしょう。

今回の場合は、クリーニング後の別部屋を見てご判断されたということですので、その部屋と比較することで、契約した部屋のクリーニング状態の是非を議論しやすいとは思います。

気になる箇所全ての修繕を実現するのが難しそうであれば、修繕箇所をピックアップして修繕してもらう箇所とそのままで使用してもらう箇所をどうするか、お互いの妥協点を探る交渉になるかと思います。

以上、少しでも参考になれば幸いです。

回答日：2018/10/08

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