既に契約違反が起こっているのですね。
賃貸契約書のひな形を入手して双方合意押印する方法をお尋ねだと思いますが、内容を拝見したところ、私は専門家に相談・依頼した方が良いと思います。

選択筋は下記の通りです。
①宅地建物取引業者に依頼する。
②行政書士・司法書士・弁護士に依頼する。
③裁判所にて和解調書を作成する。
④公証人役場にて公正証書を作成する。

すべて（①～④）は相談は無料だと思いますし契約書もひな形なら入手可能です。
③や④は一見大げさのようですが、費用も安くできますし法的効力も付加されるので検討の余地はあるとおもいます。

賃貸契約はトラブルになると大変複雑で解決も困難なものですので是非、宅地建物取引業者に依頼して頂き適切な処置をはやいうちから取っておくほうが良いと思います。

回答日：

2015/09/14