はじめまして。
アップシードレジデンシャルの千葉と申します。

先ず、たびずきんさんは既にご存じかと思いますが、賃貸併用住宅の単独登記と区分登記についてご説明させて頂きます。

不動産登記法によって、建物が完成したときは１ヶ月以内に法務局へ登記を申請しなければなりません。
不動産登記によって、その土地・建物が誰の所有物か明らかにするためです。

建物の登記の仕方によって、「単独登記」と「区分登記」があります。

「単独登記」は、その建物１棟を１つの建物として登記することです。
通常の戸建やアパート１棟を登記する場合の登記方法です。

「区分登記」は、建物を登記簿上、幾つかに分けて各々を登記する方法です。
主に分譲マンションを登記する場合の登記方法で、部屋毎に登記簿を作成して各々登記します。

「賃貸併用住宅を区分登記する」とは、オーナーさんが居住する住居部分とリーシングする賃貸部分を登記簿上分けて登記するということです。

実体上は、当然単独登記でも区分登記でも何ら変わりないので、あくまで登記等の手続き上の違いということになります。

「区分登記」した場合は、売却、相続、ローン借入（抵当権設定）等による登記手続きの手続きが住居部分と賃貸部分共に必要となりますし、固定資産税も各々で評価されることになります。
従って、登記手続きの手数料が単独登記より区分登記の方が少し高くなる（通常2倍にはなりません）ことがデメリットでしょうか。

メリットとしては、住居部分と賃貸部分で別々に処分ができるということです。
賃貸併用住宅ではあまり考えられないかもしれませんが、例えば賃貸部分のみを売却することも可能です。

一番効果を発揮するのは、相続のときに長男に住居部分、次男に賃貸部分を相続するといったことが可能になることです。

極端な話、賃貸部分を更に部屋毎に区分登記することもできますが、管理が煩雑となりますので、あまりおススメしません。

上記、参考になれば幸甚です。

回答日：

2015/05/24